شورای وزیران (COM) بالاترین مرجع سیاست گذاری و تصمیم گیری سازمان  اکو است. این شورا متشکل از وزرای امور خارجه کشورهای عضو است که در جلسات فوق العاده، منظم، و غیررسمی تشکیل جلسه خواهند داد. هیأت وزیران می تواند در صورت لزوم، تشکیل جلسات با سایر وزیران را درجهت تدوین طرح‌ها و پروژه‌های حوزه مربوطه از طریق جلسات بخشی یا مشترک بین وزیران، پیشنهاد دهد.

شورای وزیران مسئول تصمیم گیری در خصوص موارد ذیل می باشد:  

تصویب سیاست‌ها؛ استراتژی‌ها، برنامه‌های کاری، انتصاب مدیران ارشد (دبیرکل و معاونان وی و همچنین مدیران)؛ ایجاد کمیته‌های فرعی یا موقت؛ تصویب بودجه سالانه و گزارش حسابرسی؛ تعیین سهمیه ارزیابی شده کشورهای عضو؛ تصویب ضوابط و مقررات مالی و اداری و چارت‌های سازمانی و غیره.