هیئت امناء بالاترین مرجع سیاستگذاری و تصمیم گیری موسسه فرهنگی اکو خواهد بود. ترجیحاً قبل از آغاز سال مالی مؤسسه فرهنگی اکو،این شورا هر دو سال یک بار به صورت چرخشی، در قلمرو کشورهای عضو تشکیل جلسه خواهد داد.